• Completarea cererii de finanţare şi anexelor (dosarul de finanţare) de către solicitanţi şi transmiterea lor către Organismul Intermediar/ Autoritatea de Management;
• Verificarea conformităţii administrative a cererii (conform procedurilor interne ale fiecărei AM). In general, această verificare vizează: depunerea în termen, completarea corectă a formularelor, ataşarea de avize, studii de fezabilitate, documente de confirmare a cofinanţării (conform Ghidului Solicitantului).
• Verificarea eligibilităţii proiectului. Cerinţele minime se referă la tipul de intervenţie şi legătura sa cu obiectivele Programului Operaţional, natura beneficiarului, valoarea asistenţei solicitate, nivelul de cofinanţare, durata proiectului.
• Evaluarea tehnică şi financiară a proiectului, care urmăreşte obiectivul, rezultatele, activităţile şi resursele, necesitatea proiectului şi capacitatea de management.
• Selectarea proiectului, conform criteriilor aprobate de Comitetul de Monitorizare şi prezentate în Documentul Cadru de Implementare.
• Aprobarea proiectului si semnarea contractului de finanţare.

Dacă dosarul de finanţare nu este selectat sau dacă este respins in cursul verificărilor, solicitantului i se va notifica motivul pentru care proiectul nu a fost selectat.

Spre deosebire de PHARE şi ISPA, Fondurile Structurale şi de Coeziune operează pe principiul rambursării cheltuielilor efectuate de beneficiarii eligibili. Cei care sunt acceptaţi în program trebuie să prefinanţeze proiectele fie din fonduri de stat, fie din fonduri private. Aceştia efectuează plata furnizorilor de lucrări sau servicii din fonduri proprii, iar ulterior, pe baza facturilor şi a ordinelor de plată în baza cărora s-a făcut plata, se solicită rambursarea cheltuielilor efectuate.

Nivelul grantului sustinut din fonduri europene variaza intre 30% si 85% din cheltuielile eligibile.